Die erste urkundliche Erwähnung des heutigen Ostseebades, nämlich der etwas südlicher gelegenen Siedlung Tzys, findet sich in der Schenkungsurkunde des Herzogs Bogislav IV. an das Kloster Krummin aus dem Jahre 1309.

Mit der Auflösung des Klosters im Jahre 1563 ging die Domäne wieder in Herzogsbesitztum über.

Nach Ende des Dreißigjährigen Krieges, in dem der Ort 1638 zerstört wurde, gehörte Tzys ebenso wie die gesamte Insel Usedom zu Schwedisch-Pommern, woraus sich auch die Änderung des alten wendischen Namens in Zitz erklärt.

Der Frieden von Stockholm bewirkte 1720 die Zugehörigkeit zu Preußen und führte durch die Neugestaltung der Königlichen Domäne 1754 in die Umbenennung Zinnowitz. Durch Parzellierung der Preußischen Domäne 1810 entstand das Dorf Zinnowitz. 

Ein Swinemünder Kaufmann und Reeder verkaufte das 1811 erworbene, 1.800 Morgen große Restgut von Zinnowitz im Juni 1818 in 29 Parzellen geteilt an Kolonisten und Fischer. 

Im selben Jahr wurde es dem Landkreis Usedom-Wollin zugeordnet, nachdem drei Jahre zuvor eine Angliederung an die preußische Provinz Pommern erfolgt war. 

Nach Swinemünde, Misdroy und Heringsdorf beantragten engagierte Bürger die Errichtung eines Seebades.

Die Genehmigung erteilte der Swinemünder Landrat im Juni 1851 und damit nahm der wirtschaftliche Aufschwung seinen Lauf. 

Die Einwohnerzahl stieg von 346 (1864) auf 1.267 (1905), die Steuereinnahmen im gleichen Zeitraum durch den Zuwachs auf 363 Betriebe von 500 Mark auf 18.000 Mark und die Zahl der Badegäste von 3.200 (1874) auf 6.000 (1900). 

Wichtige Voraussetzung für den weiteren Aufschwung waren auch die 1876 fertig gestellte Straße von Wolgast Fähre und der innerörtliche Infrastrukturaufbau wie Kirche, Schule, Tennisplatz, Familienbad und VINETA-Seebrücke sowie die
Errichtung von Villen im Gründerstil, die noch heute ein Markenzeichen darstellen. Ein Eisenbahnanschluss von Wolgast Fähre folgte im Jahr 1911. 

Die Zahl der Badegäste stieg 1931 auf über 10.000 und die der Einwohner auf 2.196. 

Der 2. Weltkrieg bedeutete ein jähes Ende des Aufschwungs und eine Inanspruchnahme des Seebades durch die Heeresversuchsanstalt Peenemünde. 

Nach der Gründung des Freien Deutschen Gewerkschaftsbundes (FDGB) 1948 verzeichnete Zinnowitz im Jahre 1950 mit 20.000 Urlaubern einen bescheidenen Neuanfang, bevor die sowjetisch-deutsche Aktiengesellschaft Wismut 1953 mit der Aktion Rose zahlreiche Hotels, Villen und Ferienhäuser enteignete und Zinnowitz zu einem Ferienzentrum für Gäste aus dem Uranbergbau entwickelte. 

So entstanden 1957 als kultureller Mittelpunkt das 900 Besucher fassende Kulturhaus, das 1975 - 77 erbaute Wismutferienheim "Roter Oktober" (Hotel Baltic) und 1982 die Meerwasserschwimmhalle. 

Mit der Wende vollzog sich die Rückübertragung enteigneten Vermögens. 

Die Zahl der Feriengäste reduzierte sich von 1.057.000 im Jahre 1989 auf 351.000 im Jahre 1992 und mit der Auflösung der IG Wismut verlor Zinnowitz 1990 etwa ein Drittel der noch 1989 registrierten 4.500 Einwohner. 

Die Einweihung des Theaters "Die Blechbüchse" im Mai 1997 ist der Beginn eines sich entwickelnden Alleinstellungsmerkmals auf der Insel, welches dem Seebad, nach den bis heute jährlich stattfindenden VINETA-Festspielen und der Gründung der Theaterakademie im Oktober 2000, den Namen der Kulturhauptstadt der Insel Usedom einbrachte. Daneben verfügt Zinnowitz über das einzige ganzjährig bespielte Kino der Insel.

Mit der Bernsteintherme, der Tauchgondel, der Promenadenhalle und dem im Jahre 2011 eingeweihten Wasserwanderrastplatz am Achterwasser sind weitere Highlights für Einwohner und Gäste entstanden. Der Campingplatz verfügt über 400 Stellplätze. Die Zahl der Einwohner liegt aktuell bei 3.970. 2016 gab es 1.302.852 Übernachtungen. Die Gemeinde unterhält partnerschaftliche Beziehungen zu Varbla/Estland.

Mit Beginn des neuen Schuljahres 2016/17 besuchen 145 Kinder die Grundschule und 328 Schüler werden in der Freien Schule, einer in freier Trägerschaft befindlichen, staatlich anerkannten integrierten Gesamtschule, unterrichtet.

In den beiden Kitas werden insgesamt 148 Kinder betreut.

Die über 1.548 in Zinnowitz lebenden Seniorinnen und Senioren nahmen im Juni 2011 ihre neue Begegnungsstätte in Besitz und neben der Sanierung etlicher Straßen und Gehwege in den folgenden Jahren plant die Gemeinde die Erweiterung der Kurverwaltung.

Die Gemeinde ist auf der Insel neben Heringsdorf als Grundzentrum ausgewiesen, was die künftigen Entwicklungschancen deutlich erhöht.

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