Als der geschichtsträchtigste Ort im Inselnorden ist Peenemünde bereits 1282 urkundlich erwähnt. 

Zu diesem Zeitpunkt verschenkte Bogislaw IV das kleine Bauern- und Fischerdorf an die Residenzstadt Wolgast. Ein aus der Mitte des 16. Jahrhunderts stammendes Crösliner Kirchenmatrikel belegt die Existenz von 6 Bauern, 12 Kleinbauern und mehreren Fischern. 

1574 sind in Peenemünde bereits 26 Katen und 6 wüste Katenstätten geschichtlich belegt. Zu dem ohnehin kargen Leben der Menschen hatten sie zu Ende des 16. Jahrhunderts Trockenheit, Epidemie und Sturmflut zu überstehen und auch der 30jährige Krieg ging nicht spurlos an ihnen vorüber. 

Der Bau der Schanze 1628 auf Geheiß Wallensteins und der Ausbau der Peenemünder Schanze 1630 verlangte den Einheimischen alles ab. 

Noch im selben Jahr landete der Schwedenkönig Gustav II Adolf, mit 10.000 Mann im Gefolge, in Peenemünde, wo er die Schanze erweiterte und Kasematten errichtete. 

Der Streit um den Besitz von Pommern zwischen der schwedischen Krone, brandenburgischen Truppen und den Preußisch Kaiserlichen endete zunächst 1638 und fand 1645 mit dem Westfälischen Frieden, welcher die Teilung Pommerns mit sich brachte, seinen vorläufigen Abschluss. Vorpommern fiel an Schweden und Brandenburg erhielt Hinterpommern. 

30 Jahre Krieg hatten mehr als die Hälfte der Bewohner getötet und mehrere Orte auf Usedom ausgelöscht. 

Mit dem Ende des großen Nordischen Krieges, der 1720 durch den Frieden von Stockholm besiegelt wurde, verlor Schweden einen Teil Pommerns, so auch Peenemünde, an die Preußen. 

1726 gab es in Peenemünde 18 Bauerngehöfte und weitere 21 Katen. Immer wieder waren es kriegerische Handlungen der Schweden und Preußen um Pommern, die Peenemünde wegen der strategisch wichtigen Schanze in der Entwicklung zurück warfen, bis endlich 1759 Friedrich der Große, König von Preußen, den Rückbau befahl. 

Fortan dienten die verbliebenen Bauten dem Zoll und als Lotsenstation. 

Letztmaliger Kriegsschauplatz war die Schanze 1806 als die Franzosen den Preußen im Napoleonischen Krieg die Macht entrissen und Peenemünde zu Frankreich gehörte bis die Schweden die Franzosen im Folgejahr von der Insel vertrieben. 

Mittlerweile stellte die aus Amerika eingeführte Kartoffel das Hauptnahrungsmittel dar, der Heringsfang brachte beste Erträge und 1833 erbaute der Müller Christian Wachtel an der Trift eine Bockwindmühle. 

1835 verzichtete die Stadt Wolgast zu Gunsten der Peenemünder Bewohner auf ihr Eigentum. 

So wuchs der Ort bis 1849 auf stattliche 511 Einwohner und verzeichnete unter anderem etwa 70 Wohnhäuser, ebenso viele Ställe und auch eine Schule. 

1861 folgte der Bau eines Spritzenhauses. 

1870 mit Beginn des Deutsch-Französischen Krieges wurde die Schanze doch noch einmal mit Kanonen bestückt und zur Verteidigung auf das Fahrwasser gerichtet, das die in Swinemünde angelandeten Franzosen aber nicht erreichten. 

Das Jahr 1872 brachte dem Inselnorden die schwerste Sturmflut seit Menschengedenken, das Wasser stieg auf 2,40 m über normal und richtete schlimmste Schäden an, deren Beseitigung bis 1877 andauerte. 

Weitere Sturmfluten sind 1874 und 1883 verzeichnet. 

Um die Jahrhundertwende lebten ca. 500 Einwohner in Peenemünde, neben Wohnhäusern, Bauerngehöften und Fischerkaten, einer Schule, zwei Gasthöfen, einer Molkerei, einem kleinen Fischerhafen und einer Räucherei wollte man,
anderen Inselgemeinden folgend, das Badewesen als einen weiteren Erwerbszweig entwickeln. Mehrere Versuche, die dem Kirchspiel Kröslin zugehörige Gemeinde in ein neues Kirchspiel mit Karlshagen und Hammelstall einzubinden, scheiterten am Willen der Bewohner. 

1904 ereilte die Bewohner eine erneute Sturmflut, die nur 10 der etwa 100 Wohnhäuser verschonte. 

Folge waren erste Planungen zur Eindeichung des Ortes und Vermessungen ab 1908. 

Große Erleichterung brachte der Bau einer Chaussee zwischen Peenemünde und Karlshagen, die 1906 fertig gestellt war. 

Bis zum Ausbruch des I Weltkrieges entwickelte sich der Ort zusehends, sogar der Bau einer eigenen Kirche war in Planung und zahlreiche wiederkehrende Feste durch den Kriegerverein, den Schützenverein oder das jährliche große Kinderfest fügten die Gemeinschaft fester zusammen. 

Anlässlich des 300. Gedenktages erfolgte die Einweihung des heute nahe der Kapelle befindlichen Gedenksteins von König Gustav II Adolf. 

Anfang der 30er Jahre verfügte Peenemünde über 150 Betten für Erholungssuchende und warb erstmals mit einem eigenen Prospekt für den Luft- und Badekurort Seebad Peenemünde. 

Mit dem Verkauf durch die Stadt Wolgast 1936 und dem Beginn der Errichtung der Heeresversuchsanstalt Peenemünde hörte das kleine Fischerdorf fast vollständig auf zu existieren. 

1936 erhielt Peenemünde einen Bahnhofsanschluss und 1937 eine neue Landstraße. 

Bis 1940 war die Mehrzahl der Einwohner ausgesiedelt und der Ort fast vollständig abgerissen. 

Der erste erfolgreiche Start einer A-4 Rakete vom Prüfstand 7 ist auf den 03.10.1942 datiert, im selben Jahr nahm das Kraftwerk seinen Betrieb auf. 

In der Nacht vom 17./18. August 1943 vernichtete die Royal Air Force große Teile der Wohnstätten und Versuchsanlagen. 

Weitere Bombenangriffe führten zur Evakuierung der verbliebenen Versuchsanlagen. 

Im Mai 1945 marschierte die Rote Armee in Peenemünde ein, nutzte ab 1948 auch den Flugplatz und übergab 1952 den Marinestützpunkt an die Volksmarine. 

Mit der Stationierung eines Jagdfliegergeschwaders 1961 wurde der nördliche Teil der Insel Usedom ab Karlshagen bis 1989 zum Sperrgebiet erklärt. 

1990 ging das Kraftwerk außer Betrieb, die Bundeswehr übernahm alle Einheiten der früheren Volksmarine und das Jagdfliegergeschwader wurde aufgelöst. 

Das folgende Jahr brachte dann auch für die Flottille das Aus, an deren Stelle lediglich ein Marinestützpunktkommando verblieb, dessen Schließung 1996 auch das endgültige Ende der 60jährigen Militärpräsens bedeutete. 

Bereits 1991 öffnete das Historisch Technische Informationszentrum. 

Für die Gemeinde begann eine bereits zwei Jahrzehnte andauernde Neuorientierung. Mittlerweile hat die Infrastruktur erhebliche Fortschritte gemacht und neben dem inzwischen umfirmierten Historisch Technischen Museum sind
Phänomenta, U-Boot-Museum und Spielzeugmuseum überregional gefragte Anziehungspunkte. 

Derzeit wohnen 249 Einwohner (per 31.12.2015) in der Gemeinde (davon 58 Senioren) und die Bettenkapazität liegt bei ca. 1.400 Betten

 

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